相傳古時治病有十三科，祝由科自元代即列入太醫院十三科。祝由二字，最早見於醫書《素問》，謂上古之人治病，不用服藥手術，只要移易精神、變換氣質，請人施展祝由之術，即可達到療效。祝由之法，即包括中草藥在內的，借符咒禁禳來療疾病的一種方法，分為大方脈科、產科、眼科、風科、口齒咽喉科、耳鼻科、外科、傷折科、瘡腫科、金簇科和書禁科等。使用祝由之法治病是普遍被人接受和尊重的行業。祝由師使用禁法、咒法、祝法、符法“以氣封瘍而徙之”。這些方法不但能夠*療疾病、緩解痛苦，而且能夠制止嬰兒夜間啼哭、幫助婦女分娩以及*療蟲獸咬傷，還能“滿水招財”、“神符絕鼠”以及“吹毛為虎”等。書中的療法對成年人和兒童均適用。
軒轅碑記醫學祝由十三科中所謂“十三科”者，大抵指元、明兩代國家確立的醫療機構：大方脈科、諸風科、胎產科、眼目科、小兒科、口齒科、痘疹科、傷寒科、耳鼻科、瘡腫科、金鏃科、書禁科、砭針科等十三科。
簡介：
祝由科作為一種官方化的巫醫，自隋代開始被納入官方醫學範疇，唐承隋制，在醫署設立“咒禁科”主管禁咒，除邪魅之法。
據《中國歷代官制詞典·太醫院》條太醫院所定的十三科，元代為：大方脈科、雜醫科、小方脈科、風科、產科、眼科、口齒科、咽喉科、正骨科、金瘡腫科、針灸科、祝由科、禁科；明代為大方脈、小方脈、婦科、瘡瘍、針灸、眼、口齒、接骨、傷寒、咽喉、金鏃、按摩、祝由。
祝由科的官制地位雖被傳統觀念的醫家不齒，但還是在唐至明所屬太醫局（院）留有一席之地，清人入關以後，秉承了明朝官制，雖太醫院已經廢除祝由科一職，但滿族信仰薩瑪教，對患病者除正規醫藥外，尚保留“跳神”習俗，以為驅役鬼神。
《雞林·舊聞錄》：“薩瑪教為東夷一種宗教，在昔滿洲人亦迷信之。此教今日在宋、黑、馬三江下游，南及朝鮮，咸鏡諸道皆染此習。凡人患病輒延男巫，亦有女覡至家，……蹈足而行，作咒如魅言及人術，以除患疾。”可見皇室在愚民政策上有所變動，其實是換湯不換藥罷了。
然而祝由科雖在官方醫科中有一席之地，其自身並無十三科之分，為何民間祝由科有十三科呢，又為一些名醫所借鑒呢？
究其原因：一是“祝由一術統攝內外諸症，不用方脈，可免誤辯溫涼；不用針灸，可免誤刺穴道；不用方藥，可免誤下毒藥。民間傳訛，誤為官家分類，以一科而分十三科之屬爾。”二是“治病之法，深奧千里，淺學濟急，未辨精微，頗多誤事。鄉民鄙人，倉猝之間，勿藥而喜，類泛簡便，得一二者，救活生靈，善功德事哉！”
十三科主治：
祝由各科治療方法主要據道教靈寶派典籍宋末元初·林靈真編輯的《靈寶領教濟度全書》內（存思玄妙品·咒）和（符簡執範品·符）及通行本所載的為主，其十三科之主治分類為：
大方脈科（主治：傷寒、痰喘，一切內症兼雜醫）
諸風科（主治：麻木、癱瘓及一切中風）
胎產科（主治：胎前、產後及婦科諸症）
眼目科（主治：眼病及時疫眼病）
小兒科（主治：小兒驚、疳等諸症）
口齒科（主治：牙痛、骨鯁及喉科諸症）
內外科（主治：療毒、淋濁、痔瘡及一切惡候）
傷折科（主治：跌打壓傷及諸蟲獸傷）
耳鼻科（主治：耳聾、鼻衄及一切耳鼻病）
瘡腫科（主治：惡瘡、癩疥、無名腫毒等）
金鏃科（主治：金屬所傷及消針化刺）
書禁科（主治：鎮邪、驅鬼、闢毒、截症）
砭針科（主治：癲癇，筋骨疼痛）
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